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形態學階段

從安東尼·列文虎克發明顯微鏡開始，微生物的形態學觀測就開始了，他使用可以放大50~300倍的顯微鏡清楚地看到細菌和原生動物，他的發現和描述揭示了一個全新的生物世界——微生物世界。微生物學的發展歷史具有劃時代的意義。

生理期

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自列文虎克發現微生物世界后的200年里，微生物學的研究基本上還停留在形態描述和分類階段。19世紀中葉以前，科學家們以法國的巴斯德和德國的柯赫為代表，把微生物研究從形態學描述推進到生理學研究階段，揭示了微生物是導致發酵和人畜疾病的根源，并建立了一系列的微生物技術，如分離、培養、接種和滅菌。為微生物學科的建立奠定了基礎，同時也開辟了醫學、工業微生物等分支學科。Basd和 Koh是微生物學的創始人。

原核微生物(prokaryotic microbe)：指細胞質與核質之間沒有明顯的核膜，是一種由單個核酸構成的一類微生物。

原核微生物的核非常原始，發育不全，只是 DNA鏈高度折疊形成核區，無核膜，核質，與細胞質沒有明顯界限，被稱為擬核或似核。原核微生物只存在于單個細胞器核糖體中，僅有不規則泡沫結構系統，如間體、光合作用層片及其它內折等。沒有發生有絲分裂。原核菌體形細長、結構簡單，具有二次分裂繁殖的原核生物，是自然界分布、個體數量的生物體，是自然界物質循環的主要參與者。

原核微生物包括古細菌、真細菌、、藍菌、粘菌屬、立克次氏體、支原體、衣原體、螺旋體等。

球菌；原核

真核細胞：真菌、海藻(部分)，原生動物(部分)。

無胞類：病毒及亞病毒。

中國大陸地區的教材一般都把微生物分為以下7大類：細菌、病毒、真菌、立克次氏體、支原體、衣原體、螺旋體。

真i菌：引起皮膚疾病。深層組織。

放i線菌：皮膚、傷口感i染。

螺i旋體：皮膚i疾病，如梅i毒，血液感i染，鉤端螺i旋體病。

細菌：皮膚化i膿、上呼吸道感i染、泌i尿i道感i染、食物中i毒、敗血壓癥、急性傳i染病等。

5、立克i次體：斑i疹傷i寒等疾病。

6，衣i原體：沙i眼，泌尿生i殖道感i染。

7、病i毒：肝i炎、腦i炎、麻i疹、艾i滋病等。

8、支i原體：肺i炎、尿i道感i染。

有數萬種微生物存在于生物界，其中大部分有益于人類，只有少數可以致病。一些微生物通常不會致病，在特定的環境中可以導致有條件致病菌的。它會使食物變壞、變壞，正因為它們分解了自然界的物體，完成了自然的物質循環。