實時定量pcr泌尿生殖系統模型「英瀚斯」

單核苷酸多態性( SNP )實驗

SNP (Single Nucleotide Polymorphisn即單核苷酸多態性 ,是由于單個核苷酸改變而導致的核酸序列多態性(Polymorphism)。據估計,在人類基因組中,大約每千個堿基中有一個SNP ,無論是比較于度多態性(RFLP)分析還是微標記(STR) ,都要廣泛得多。大部分線粒體基因由于其母系遺傳特性以及進化速率較快等特點，被廣泛地用于種群遺傳學、進化生物學、譜系地理學和系統發育學、疾病診斷等學科領域。

實驗方法原理:

SNP (Single Nucleotide Polymorphisn即單核苷酸多態性,是由于單個核苷酸改變而導致的核酸序列多態性(Polymorphism)。據估計,在人類基因組中,大約每千個堿基中有一個SNP ,無論是比較于限制性段長度多態性(RFLP)分析還是微標記(STR) ,都要廣泛得多。SNP是我們考察遺傳變異的單位,據估計,人類的所有群體中大約存在一千萬個SNP位點。-般認為,相鄰的SNPs傾向于一起遺傳給后代。 于是,我們把位于染色體上某一區域的一組相關聯的SNP等位位點稱作單體型( haplotype b大多數染色體區域只有少數幾個常見的單體型(每個具有至少5%的頻率),它們代表了一個群體中人與人之間的大部分多態性。凝膠阻滯遷移電泳檢測服務（EMSA）凝膠遷移或電泳遷移率實驗（electrophoreticmobilityshiftassay，EMSA）是一種研究DNA/RNA結合蛋白和其相關的DNA/RNA結合序列相互作用的技術，可用于定性和定量分析。-個染色體區域可以有很多SNP位點,但是我們一-旦掌握了這個區域的單體型,就可以只使用少數幾個標簽SNPs(tagSNP)來進行基因分型,獲取大部分的遺傳多態模式。

miRNA測序

microRNA(miRNA)是一種大小約21—23個堿基的單鏈小分子RNA，是由具有發夾結構的約70-90個堿基大小的單鏈RNA前體經過Dicer酶加工后生成，不同于siRNA（雙鏈）但是和siRNA密切相關。microRNA通過和靶基因mRNA堿基配對引導沉默復合體（RISC）降解mRNA或抑制mRNA的翻譯，從而在轉錄后水平調控蛋白表達（新發現miRNA也能在轉錄水平調控基因表達）。miRNA在物種進化中相當保守，在動物、植物和真菌等中發現的miRNA表達均有嚴格的組織特異性和時序性。腺病毒是一種無包膜的球型結構的病毒，遺傳物質為線型雙股DNA形式。miRNA在細胞生長和發育過程中起多種作用，包括調控發育、分化、凋亡和增殖等。

目前研究miRNA的方法主要是realtime-PCR、生物芯片技術以及第二代測序技術。基于第二代測序技術的miRNA測序，可以一次獲得數百萬條miRNA序列，能夠快速鑒定出不同組織、不同發育階段、不同疾病狀態下已知和未知的miRNA及其表達差異，為研究miRNA對細胞進程的作用及其生物學影響提供了有力工具。lncRNA-Seq可一次性獲得樣本中全部的lncRNAs信息，對lncRNAs的類別、功能進行的深入分析，從而快速準確地獲得與特定生物學過程（例如發育、疾病等）相關lncRNA信息。

基因組甲l基化水平(Methyl ati on Content)的分析:

1.高l效液相色譜(Hi gh-performanceLi qui dChromatography, HPLC)HPLC是- -種比較傳統的方法,是根據DNA或蛋白分子量和構象的不同而使其加以分離。由于在動態相和靜態相下分子的光吸收度并不相同而加以定量。隨著系統的壓強的增加，其分辨率增l高。故而能夠定量測定基因組整體水平DNA甲l基化水平。該方法由Ruo等1980年首l次報道。過程是將DNA樣品先經鹽酸或氫l氟酸水解成堿基，水解產物通過色譜柱，結果與標準品比較，用紫外光測定吸收峰值及其量，計算5 mC/(5mC 5C)的積分面積就得到基因組整體的甲l基化水平。分子組技術人員畢業于中國農業大學、華中科技大學同濟醫學院、浙江理工大學等高校生物醫學相關專業，全部具有碩士研究生以上學歷，熟練掌握分子生物學相關實驗，可開展多種分子生物學檢測服務。這是一種檢測DNA甲l基化水平的標準方法。

2.高l效毛細管電泳法(Hi gh-per formance Capillary Electrophoresis, HPCE)這是一-種利用窄孔熔融石英毛細管來從復合物中分離不同化學組分的技術。其基礎是在強電場下不同分子的由于其所帶電荷，大小，結構以及疏水性等不同而相互分開。用HIPCE方法處理DNA水解產物來確定5mC水平，簡便，經濟且敏感性高。,溫度升高會使蛋白質變性失活,因此，基于這一點考慮提取蛋白質和酶時一般采用低溫(5度以下)操作。

凝膠阻滯遷移電泳檢測服務（EMSA）

凝膠遷移或電泳遷移率實驗（electrophoretic mobility shift assay，EMSA）是一種研究DNA/RNA結合蛋白和其相關的DNA/RNA結合序列相互作用的技術，可用于定性和定量分析。依據實驗需要，設計標記探針、非標記探針、蛋白特異性抗ti等參照物，基于DNA-蛋白質或RNA-蛋白質復合體在聚bing烯酰胺凝膠電泳（PAGE）中有不同遷移率的原理，當轉錄因子與特異的DNA或RNA結合后，其在PAGE中的遷移率將小于未結合核蛋白轉錄因子的DNA，從而檢測到活化的與DNA或RNA結合的蛋白轉錄或調節因子。標準的生物信息學分析能夠得到mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA各自的研究內容，靶向調控網絡、ceRNA網絡、共表達網絡分析可以將這幾種RNA聯合起來分析，從而發現新的調控網絡模型。