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 對結果有效性不利影響的因素可能包括但不限于：微生物污染、灰塵、電磁干擾、輻射、濕度、供電、溫度、聲音和震動。舉個例子：一般使用的玻璃量器如移液管、容量瓶使用溫度都是在20℃，溫度過低或過高都會影響配制試劑濃度的度。實驗室的溫度必須控制在（20±5）℃范圍內才能確保檢測數據的誤差在可控范圍內。除此之外實驗室還應保持良好的內務管理，減少環境對檢測結果的影響。

 當然每個省份在PCR實驗室技術評審時所要求的重點都有所差異，有些省份比較重視質量控制，有些省份比較重視結果的發放及抱怨處理，有些則熱衷于檢查儀器及試劑的資質。分析我國大PCR實驗室的檢測項目不難發現，近80%的實驗室采用熒光PCR試劑盒進行臨床檢測，即這部分實驗室不存在開放性核酸鑒定環節，試劑工作液的配制多在核酸制備完成后進行，依存“試劑配置與PCR擴增之間的時間越短越好”的原則，多數實驗室的試劑配制均在核酸制備室完成，也就是說，試劑配制室的存在基本被忽視，了解了羅氏COBAS的操作方式，這種做法便顯得無可厚非！核酸制備完成并加入PCR反應液后，移管到擴增室，由于采用封閉核酸鑒定的方法，這樣擴增室的設置也同樣顯得多余！

實驗室儀器安放合理，貴重儀器有專人保管，建立儀器檔案，并備有操作方法，保養、維修、說明書及使用登記本，做到經常維護、保養和檢查，精密儀器不得隨意移動，若有損壞需要修理時，不得私自拆動、應寫出報告、通知管理人員，由經理同意填報修理申請、送儀器維修部門。

高校對于實驗室安全十分重視。如，研究生在使用受管制物料或儀器前，均需接受大學安全與環境事務處安排的強制性安全訓練及考試，合格后方可進入實驗室。對理工類本科生也要強制進行安全訓練，既有大課教育，也有網絡課程，并開設防火、逃生等一般性安全訓練課程。清華大學開發了實驗室安全課網上學習與考試系統，利用現代網絡信息技術及豐富的網絡信息資源開展實驗室安全教育。