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由于一種肥料常有多種屬性，除上述分類外，還有常見的其他分類方法：①按肥料物理狀態可分為固體和流體肥料。固體肥料又分為粉狀和粒狀肥料。流體肥料是常溫常壓下呈液體狀態的肥料。②按肥料的化學性質，可分為化學酸性、化學堿性和化學中性肥料。近30多年來，化肥品種結構中高濃度肥料逐步代替了低濃度肥料，使帶入土壤中的鈣、鎂和硫元素減少，一些土壤出現了短缺中量營養元素，特別是短缺硫元素的現象，從而使中量元素肥料的生產和使用得到重視。③按肥料被植物選擇吸收后對土壤反應的影響，可分為生理中性、生理堿性和生理酸性肥料。④按肥料中養分對植物的有效性，可分為遲效和長效肥料

生物肥料（微生物肥料）的種類較多，按照制品中特定的微生物種類可分為菌肥料（如根瘤菌肥、固氮菌肥）、線菌肥料（如抗生菌肥料）、菌類肥料（如菌根菌）；對于一些pH較高的缺鎂土壤，不宜施用白云石粉，可施用硫酸鎂或無水鉀鎂礬，也可以使用蛇紋石類硅酸粉。按其作用機理分為根瘤菌肥料、固氮菌肥料（自生或聯合共生類）、解磷菌類肥料、硅酸鹽菌類肥料；按其制品內含分為單一的微生物肥料和復合（或復混）微生物肥料。復合微生物肥料又有菌、菌復合，也有菌和各種添加劑復合的。

生物肥料的作用：生物肥料（微生物肥料）的功效是一種綜合作用，主要是與營養元素的來源和有效性有關，或與作物吸收營養、水分和抗病（蟲）有關。總體來說，生物肥料（微生物肥料）的作用為以下幾點：1．增進土壤肥力施用固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素來源；此外，化肥不能與種子堆放在一起，也不要用化肥袋裝種子，以免影響種子發芽。解磷、解鉀微生物肥料，可以將土壤中難溶的磷、鉀分解出來，轉變為作物能吸收利用的磷、鉀化合物，改善作物的營養條件。2．制造和協助農作物吸收營養根瘤菌侵染豆科植物根部，固定空氣中的氮素。微生物在繁殖中能產生大量的植物生長素，刺激和調節作物生長，使植株生長健壯，促進對營養元素的吸收。3．增強植物抗病和抗旱能力微生物肥料由于在作物根部大量生長繁殖，抑制或減少了病原微生物的繁殖機會；抗病原微生物的作用，減輕作物的病害；微生物大量生長，菌絲能增加對水分的吸收，使作物抗旱能力提高。

堆肥腐熟良好的條件：①水分。保持適當的含水量，是促進微生物活動和堆肥發酵的首要條件。一般以堆肥材料量大持水量的60%～75%為宜。②通氣。保持堆中有適當的空氣，有利好氣微生物的繁殖和活動，促進有機物分解。高溫堆肥時更應注意堆積松緊適度，以利通氣。③保持中性或微堿性環境。可適量加入石灰或石灰性土壤，中和調節酸度，促進微生物繁殖和活動。④碳氮比。在生育期較短的第三、四積溫帶，生物有機復合肥可替代化肥進行一次性施肥，降低生產成本。微生物對有機質正常分解作用的碳氮比為25∶1。而豆科綠肥碳氮比為15～25∶1、雜草為25～45∶1、禾本科作物莖稈為60～100∶1。因此根據堆肥材料的種類，加入適量的含氮較高的物質，以降低碳氮比值，促進微生物活動。