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生物有機肥的生產主要包括發酵菌促進物料腐熟過程、添加功能菌二次發酵過程和成品加工過程。通過發酵使物料完全腐熟是整個生產的關鍵環節，在發酵腐熟階段，多數企業采用槽式堆置發酵法。水分、C/N 比、溫度、pH、通風情況等過程參數直接影響物料腐熟的程度和發酵周期。待物料完全腐熟后，添加固氮菌、溶磷菌、解鉀菌等復合功能菌群進行二次發酵， 通過控制發酵條件提高產品中的有益活菌數， 從而達到增強生物有機肥肥效的目的。發酵結束后，為了提高產品的商品性和保證產品中有益微生物的存活率， 成品加工多以圓盤造粒后低溫烘干工藝為佳。

看物料。是否均勻。抓一把肥料在陽光下觀察，陰潮呈團、干燥呈灰都非正常產品。適合特殊功能菌中生長的“有機肥營養”應是套餐型，由多種有機營養物質組成(如：菜粕、黃豆粉等發酵制成)，在光線下能看到原料的痕跡，或者能聞到原料的特殊氣味。看效果。加少量水將生物有機肥調成團狀，放在冰箱里凍成冰塊，然后拿出來溶化，反復三次，肥料中的菌中將會凍死或大幅度減少；這是用它和將原產品進行比較試驗、在相同的田塊里觀察差異，差異明顯好肥料，差異不明顯，表明該產品有問題，建議放棄使用。

七、生物有機肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效應，減少病害發生；精制有機肥由于高溫烘干，殺了里面的全部微生物。

     八、生物有機肥養分含量高；精制有機肥由于高溫處理，造成了養分損失。

     九、生物有機肥經除臭，氣味輕，幾乎無臭。生物有機肥完全腐熟，蟲卵死去率達到百分之九十五以上。

     十、生物有機肥施用方便，均勻。生物有機肥含有功能菌和有機質，能改良土壤促進被土壤固定養分的釋放。生物有機肥的有機質本身就是功能菌生活的環境，施入土壤后容易存活。