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生物肥料（微生物肥料）的種類較多，按照制品中特定的微生物種類可分為菌肥料（如根瘤菌肥、固氮菌肥）、線菌肥料（如抗生菌肥料）、菌類肥料（如菌根菌）；按其作用機理分為根瘤菌肥料、固氮菌肥料（自生或聯合共生類）、解磷菌類肥料、硅酸鹽菌類肥料；按其制品內含分為單一的微生物肥料和復合（或復混）微生物肥料。有機質是衡量土壤肥力的重要標志，即使將來，氮磷鉀養分主要靠化肥來提供，但是有機肥料在改良土壤，培肥地力方面仍將發揮重大作用。復合微生物肥料又有菌、菌復合，也有菌和各種添加劑復合的。

生物肥料的作用：生物肥料（微生物肥料）的功效是一種綜合作用，主要是與營養元素的來源和有效性有關，或與作物吸收營養、水分和抗病（蟲）有關。總體來說，生物肥料（微生物肥料）的作用為以下幾點：1．增進土壤肥力施用固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素來源；解磷、解鉀微生物肥料，可以將土壤中難溶的磷、鉀分解出來，轉變為作物能吸收利用的磷、鉀化合物，改善作物的營養條件。如大豆每畝施用生物復合專用肥30—40kg，玉米每畝施用專用肥50—75kg，一次性作底肥施入，不需追肥，既節省投資，又節省投工。2．制造和協助農作物吸收營養根瘤菌侵染豆科植物根部，固定空氣中的氮素。微生物在繁殖中能產生大量的植物生長素，刺激和調節作物生長，使植株生長健壯，促進對營養元素的吸收。3．增強植物抗病和抗旱能力微生物肥料由于在作物根部大量生長繁殖，抑制或減少了病原微生物的繁殖機會；抗病原微生物的作用，減輕作物的病害；微生物大量生長，菌絲能增加對水分的吸收，使作物抗旱能力提高。

增加作物產量和改善農產品品質作用有機肥料含有植物所需要的大量營養成分，各種微量元素、糖類和脂肪。據分析，豬糞中含有全氮2.91%、全磷1.33%、全鉀1.0%，有機質77%。做有機-無機摻混肥用硫酸銨比較適宜，肥料揮發損失小，粉末狀容易同有機肥料混合均勻，效果優于其它形式的氮肥。畜禽糞便中含硼21.7～24毫克/公斤，鋅29～290毫克/公斤，錳143～261毫克/公斤，鉬3.0～4.2毫克/公斤，有效鐵29～290毫克/公斤。中國農業科學院土壤肥料研究所和山東萊陽農學院進行的長期定位試驗，9年18季作物的產量統計結果(表3-3)。從表3-3中可以看出，單施氮素化肥(N1和N2)、單施有機肥處理(M1和M2)和有機無機肥料配合處理(M1N1、M1N2、M2N1、M2N2)，都能有效地增加小麥、玉米的產量，而且產量隨施肥量增加而增加。其中有機無機肥料配合施用的處理，作物產量均明顯高于單施化肥和單施有機肥處理。單施有機肥，9年平均年產量比對照增產54.7%～107.7%，而有機無機肥料配合施用，9年平均產量比對照增產130.8%～153.3%。說明有機無機肥料配合施用是實現高產穩產的重要途徑。以氮素計算，有機肥氮與無機肥氮比以1∶1～2為好。