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土壤理化性狀的改善，加強了土壤有益微生物的活動，從而大限度促使有機物分解轉化，產生多種營養物質和刺激性物質，反過來又刺激微生物的生長發育，促進作物生長，達到增產增收的目的。另外，功能性微生物在作物根系周圍形成優勢種群，抑制或拮抗有害病原菌的生長繁殖，減輕了作物發生病害的程度，進而起到增加產量的作用。兩者各有優缺點，有機肥應與化肥配合施用才能揚長避短，充分發揮其效益。

肥料是指提供一種或一種以上植物必需的營養元素，改善土壤性質、提高土壤肥力水平的一類物質，是農業生產的物質基礎之一。主要包括磷酸銨類肥料、大量元素水溶性肥料、中量元素肥料、生物肥料、有機肥料、多維場能濃縮有機肥等。

隨著近代化學工業的興起和發展，各種化學肥料相繼問世。18 世紀中葉， 磷分為單元肥料（僅含一種養分元素）和復合肥料(含兩種或兩種以上養分元素)，前者如氮肥、磷肥和鉀肥；后者如氮磷、氮鉀和磷鉀的二元復合肥以及氮磷鉀三元復合肥。

有機肥料包括有機氮肥、合成有機氮肥等。中國習慣使用的有人畜禽糞尿、綠肥、廄肥、堆肥、漚肥和沼氣肥等。有機無機肥料即半有機肥料，是有機肥料與無機肥料通過機械混合或化學反應而成的肥料。

可以說，正是有機肥的廣泛使用，才能使得我們的農業逐步的開始向無公害農業轉變，才能使得讓更多的有機食品、水果、蔬菜走向我們的餐桌。隨著經濟的發展和城鎮化進程的加快，城市人口激增，城市的污染物也在不斷增加。其實，城市污染物通過處理可以變成有機肥。只有施用高量有機肥，和高量有機肥與化肥配合的處理，土壤中的磷才有盈余。有機肥為有機農業、生態農業所必須，它能改善土壤性質，提高土壤肥力，提高農產品的產量和質量，還能遏制環境污染。建議政府加大投入，在城鎮建設的規劃中，設計好城市污染物的分類處理，并將此作為一個新型產業，將城市污染物處理成價格低廉、運輸方便的有機肥，變廢為寶為農業服務

有機肥在土壤中分解，轉化形成各種腐殖酸物質。能促進植物體內的酶活性、物質的合成、運輸和積累。腐殖酸是一種高分子物質，陽離子代換量高，具有很好的絡合吸附性能，對重金屬離子有很好的絡合吸附作用，能有效地減輕重金屬離子對作物的毒和害，并阻止其進入植株中。這對生產無污染的安全、衛生的綠色食品十分有利。。。有的有機肥料則以供應農作物所需養分為主，如人糞尿、雞糞等等，這種差別主要視不同有機肥料中有機質和含氮量之間的比例而定。。。