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從脫氣機出來的流動相進入高壓泵許多情況下，泵的問題都反映在壓力上，壓力波動是常見的一類問題，泵的正常壓力波動一般在2%以內，這個異常波動通常是由于氣泡和鹽引起的：如果流動相中的氣泡沒有被脫氣機除掉，那么就會引起壓力波動，通常我們可以通過重新 purge流和再脫氣流來解決。由于鹽引起的波動，主要是由于流動相中添加了濃度較高的緩沖鹽，在含鹽流動相和有機相中，鹽會發生微小的析出，從而引起壓力異常波動，解決這些問題可以考慮適當降低鹽的濃度，或者用代替有機相。若因各種原因必須使用此流動相，可考慮在有機相中加入一定比例的水，然后適當提高梯度結束點。

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替代流動相的過程有時會發生在泵的使用過程中，取代流動相是指取代正相溶劑，或反過來取代溶劑的過程，這個過程重要的是與流動相的兼容性，常用的正反相色譜溶劑是不可互溶的，所以在更換中間，一定要用異沖洗系統，保證管路中所有原有的溶劑都被異取代。流程繼續進行進樣，進入進樣器，進樣器分為手動和自動兩類。

應用過程中的液相色譜四個關鍵因素1、液相色譜儀本身：通常儀器本身是沒有問題的，尤其是新買回來的儀器。就儀器本身而言，重要的是儀器的檢驗，新買回來的儀器一般都是由賣方先對儀器做系統的確認工作(包括 IQ、 PQ、 OQ)，確認順利通過后，再請國家或省級儀器檢定局的來校驗，檢定合格后再用，檢定合格后再用，除此之外，還可以放心使用，此外，還可為儀器的正常使用提供保障。2、色譜條件：通常的色譜條件包括流動相、色譜柱、檢測波長、流速和進樣量。移動相是指在制備流動相所用水和試劑試液時，水的電阻率一般不超過18.2兆歐，而水的電阻率不超過18.2兆歐，其原因是為了防止水和試劑試液中雜質對色譜結果的干擾，測試液采用色譜級別。

③先用溶劑將檢測池沖洗，具體用哪種具體的試樣而定；若沖了還不行，把檢測池卸下來，看燈能量，若能量還可以(有個幾千)，可能得清洗光路。首先還是請工程師來清洗，因為要清理的零件在探測器下面有一個黑色的碎片，中間有一條縫，而且那一塊的螺絲都是八角的，卸起來很麻煩。④拿出5個樣品盤，可以看到里面有一個黑色凸起(看不清是用電筒)，平時進樣針就是從那個地方吸的。伸手就能卸下來，里面有一個小白圈(用多了自然就黑了)，換一個新的就好了，一般只有10個才能買儀器。

先要認識到，一般國產其實不需要額外的過濾處理，直接使用是沒有問題的。甚至某些固體顆粒雜質，都可以從液相流路系統前端的過濾頭中排除。真正容易出現問題的是水中的細菌。新制純水在室內放置數天后會產生細菌，而這些細菌雖然肉眼看不到，卻足以堵塞柱狀填料顆粒的空隙，導致柱子迅速報廢。

色譜儀是一種易學難用的儀器，尤其注重儀器的正確使用。流體工作者接觸到流動相，流動相是引起液相色譜各種問題的主要來源。液相色譜儀常見的故障有堵塞和漏漏。以下對這兩點分別展開討論。(注：流動相以為例，色譜柱以C18為例)“堵”的現象是柱壓異常升高，直接原因是流路不暢。造成“堵塞”的原因：流動相中的細菌污染。阻塞主要發生在色譜柱前端，流動相中存在雜質，細菌是雜質的主要來源。長時間，濾頭粘附細菌，造成泵液不能正常工作這一問題的解決辦法就是保證水的可靠性。以下是兩種建議方法：(1)好購買實驗室純水機，既方便又可靠，質量也放心。的缺點是價格昂貴。(2)成箱購買市售品牌純凈水，如怡寶或娃哈哈500 ml，這些水的質量足以滿足液相色譜的要求。有一個細節值得注意：在絕大多數書籍中，凡談到配制流動相到都要進行過濾的步驟。