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 擴增檢測實驗室原則上分為4個單獨的工作區域：試劑儲存和準備區、標本制備區、擴增反應混合物配制和擴增區、擴增產物分析區。為避免交叉污染，進入各個工作區域必須嚴格遵循單一方向進行。

 雖然這些污染對PCR實驗結果的影響已經受到了廣泛重視，多數實驗室對污染控制都采取了各種辦法，比如定期大掃除清理、劃分操作區域、試劑分裝、操作謹慎、重復實驗、多角度驗證結果。但是微量的核酸片段就能被擴增，所以對污染物的控制不僅僅是做到這些就能夠杜絕和避免的，關鍵是需要從源頭控制。

 當然每個省份在PCR實驗室技術評審時所要求的重點都有所差異，有些省份比較重視質量控制，有些省份比較重視結果的發放及抱怨處理，有些則熱衷于檢查儀器及試劑的資質。分析我國大PCR實驗室的檢測項目不難發現，近80%的實驗室采用熒光PCR試劑盒進行臨床檢測，即這部分實驗室不存在開放性核酸鑒定環節，試劑工作液的配制多在核酸制備完成后進行，依存“試劑配置與PCR擴增之間的時間越短越好”的原則，多數實驗室的試劑配制均在核酸制備室完成，也就是說，試劑配制室的存在基本被忽視，了解了羅氏COBAS的操作方式，這種做法便顯得無可厚非！核酸制備完成并加入PCR反應液后，移管到擴增室，由于采用封閉核酸鑒定的方法，這樣擴增室的設置也同樣顯得多余！

實驗室化學試劑大多數具有一定的毒性和危險性，對實驗室化學試劑的倉儲管理，不僅是保障分析結果質量的需要，也是確保生命財產安全的需要?；瘜W試劑的管理應根據實際的毒性、性、腐蝕性和潮解性等不同的特點，以不同的方式妥善管理。

農產品檢測實驗室因使用大量有機、無機化學試劑甚至化學物品而對環境有很大的污染性，因此實驗室建設應遠離居民區?？紤]到實驗室通風要求和節約能源，實驗室應為獨立建筑，多層建筑，如果是共用建筑，應該在多層建筑特別是高層建筑的頂部，這樣在實驗室的通風設計和使用時會節約大量的資源和能源，并且通風效果較好。