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環境監測的過程一般為接受任務，現場調查和收資料，監測計劃設計，優化布點，樣品采集，樣品運輸和保存，樣品的預處理，分析測試，數據處理，綜合評價等。

針對特定目的科學研究而進行的高層次監測。進行這類監測事先必須制定周密的研究計劃，并聯合多個部門、多個學科協作共同完成。

生態環境監測機構應建立和保持檢測設備和實施管理程序，應有計劃地實施檢定和校準。所有需要檢定和校準的，或有有效期的的設備，應使用標簽標識，進行管理。

生態環境監測機構應建立和保持標準物質的管理程序，標準物質應采用有證標準物質證書，并在有效期內使用，并應對其進行期間核查管理。