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微生物肥料的使用環境被忽視，導致使用效果不佳。

高溫干旱條件下應避免使用微生物肥料。施用微生物肥料時，應注意溫度和濕度的變化。在高溫干旱條件下，微生物的生存和繁殖將受到影響，不能充分發揮其作用。應結合覆蓋土壤和澆水等措施，以防止微生物肥料暴露在陽光直射下或因缺水而難以發揮作用。

還應注意微生物肥料的適當施用時間。早晚早或陰天無雨，避免陽光中的紫外線微生物sha，使用效果好。

此外，微生物肥料不能長時間浸泡在水中，應在稻田干濕交替灌溉，以促進生物細菌的活動。由需氧微生物主導的產品不應用于稻田。嚴重干旱的土壤會影響微生物的生長和繁殖，微生物肥料適宜的土壤含水量為50%~70%。

微生物具有凈化土壤的功能。微生物可以降解殘留在土壤中的有機農業廢棄物、城市垃圾和工廠垃圾。微生物將它們分解成低危害甚至無害的物質，以減少殘留的危害。當然，所有這些功能都是由不同的微生物群執行的，而每個功能的實現需要大量的微生物共同工作。微生物可以提高作物的無彝能力。不同類型的微生物具有不同的功能，如微生物，可以分泌素，抑制病原微生物的繁殖，從而預防和減少土傳病害微生物對作物的危害，提高作物的產量和品質。在土壤上進行“去毒”和“保健”，以調節和保持土壤的健康質量。如今，當土壤退化、作物質量下降和化肥減少時，微生物在改良土壤和提高肥料效率方面具有的功能。

復合菌劑是有益的活性細菌。這些有益微生物由整個生態系統中存在的五類組成。在復合菌劑的菌液中，將對人類有益的好氧和厭氧有益微生物以適當的比例和的發酵工藝混合培養，形成各種微生物群落。它們在自己和彼此的生活中生長在母體(食物)中。通過這種共生增殖關系，它們形成了復雜而穩定的微生物系統，形成了強大而的優勢。光合細菌(需氧和厭氧)光合細菌和藍藻是獨立的營養微生物。菌體本身含有60多種蛋白質，富含多種維生素，還含有輔酶O10、抗病毒物質和生長促進因子。