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發酵菌和功能菌的作用

作物施用生物有機肥后， 其中的發酵菌和功能菌大量繁殖， 對改良土壤、促進作物生長、減輕作物病害具有顯著效果。主要原因在于：

一、肥料中的有益微生物會在土壤中大量定殖形成優勢種群， 抑制其他有害微生物的生長繁殖，甚至對部分病原微生物產生拮抗作用，以減少其侵染作物根際的機會。

二、功能菌發揮功效增進土壤肥力，比如施用含固氮微生物的肥料，可以增加土壤中的氮素來源；施用含解磷、解鉀微生物的肥料，其中的微生物可以將土壤中難溶的磷、鉀分解出來，以便作物吸收利用。

三、肥料中的許多微生物菌在生長繁殖過程中會產生對作物有益的代謝產物，能夠刺激作物生長，增強作物的抗病抗逆能力。

有機肥

有機肥是富含有機質肥料的統稱，它主要包括農家肥、人糞尿、各種禽畜類圈肥、各種綠肥、堆肥、農作物秸稈、柴草、落葉、沼肥等，當然也包括商品有機肥。

植物(包括果樹)不能直接吸收利用植物秸稈、落葉雜草、樹皮等有機物質，果樹吸收利用的是有機物質經過腐熟、分解后形成的腐殖酸、氨基酸等。所以嚴格的說，未經發酵腐熟的人糞尿、各種禽畜糞、樹枝、農作物秸稈、柴草落葉等，只能叫做有機物，不是有機肥。就好比生的米、面、油、肉，只是食物，不是食品，更不能直接食用。

作物生長不光需要氮、磷、鉀等無機合成營養和礦物質營養，更需要腐殖酸、氨基酸等有機營養。有機營養是連接植物、土壤、土壤微生物和植物營養的紐帶，處于植物營養的中心位置。