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生物有機肥中含有大量的有機質，施入土壤后經微生物緩慢分解，部分會變成簡單的礦質元素（這個過程叫做礦質化），源源不斷地供給作物生長；同時還釋放出大量的二氧化碳，供作物吸收利用和促進作物光合作用，提高作物產量。有機質在微生物分解過程中還能產生各種酚、維生素、酶、生長素及類等物質，促進作物根系生長和對養分的吸收。而且生物有機肥中還含有固氮菌、解磷、解鉀菌等微生物，可利用空氣中的氮，并釋放土壤中不易被作物吸收的鉀和磷，持續供給作物養分。

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生物有機肥和化肥配合使用，可以取長補短，發揮各自的優勢，起到1 1＞2的效果。化肥快速補充礦質元素，生物有機肥則釋放土壤肥力，改善土壤理化性質，這樣既保證作物有充足的肥力供應，提高了作物的產量和品質，又保護了土壤和環境的健康，實現農業可持續發展。土壤中的微量元素95%以不溶態形式存在，不能被植物吸收利用。而微生物代謝產物中含有大量的有機酸類物質，能把微量元素鈣、鎂、硫、銅、鋅、鐵、硼、鉬等植物必需的礦物元素溶解，變成可以被植物直接吸收利用的營養元素，大大增加土壤的供肥能力。

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生物有機肥提高土壤保肥保水能力。生物有機肥料都有較強的陽離子代換能力，可以吸收更多的鉀、銨、鎂、鋅等營養元素，防止淋失，提高土壤保肥能力。此外，生物有機肥還具有很強的緩沖能力，可防止因長期施用化肥而引起酸度變化和土壤板結，可提高土壤自身的抗逆性，保證土壤良好的生態環境。生物有機肥對土壤的作用：1.施放養分、提高肥效。生物有機肥鐘含有許多有機酸、腐殖酸、羥基等物質