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樣本采集作為核酸檢測的首步，其中涉及的采樣耗材和病毒保存液的質量對檢測結果的準確性至關重要，不合格樣本會直接影響檢驗結果。在新冠核酸檢測中，不合格樣本通常是由于采樣問題和采樣用具問題導致的。

提取技術是系統性核酸檢測方案的關鍵目前大量的核酸檢測試劑投入疫情，但是防控效率、檢測效率卻未有明顯提升。在央視記者采訪前線檢驗科工作人員的報道中，也指出目前核酸提取環節存在差異，影響了檢測能力的提升。

數字PCR作為新定量技術，主要采用當前分析化學熱門研究領域的微流控或微滴化方法，借助專門設備將50微升左右核酸溶液樣本大量稀釋后，分割成了近10萬個液滴分散至芯片的微反應器或微滴中，單一液滴為獨立反應單元，每個反應器的核酸模板數少于或者等于1個。

PCR，即聚合酶鏈式反應，是對待檢測樣本中的核酸進行擴增的一種方法。熒光PCR法，又稱qPCR法（Quantitative Real-time PCR, qPCR），是生物分子熒光技術發展的產物，即指在核酸擴增反應的過程中，加入以熒光化學物質，并以熒光強度來測定PCR循環后產物中核酸水平。