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研究結果表明，施用生物有機肥后，果園土壤容重變小，土壤孔隙度增大，增加了土壤微生物數量，土壤透氣性得到改善，有機質含量明顯提高，土壤供氮和供磷能力增強，土壤酸堿性得到改善，有利于土壤中養分的釋放。在盆栽葡萄上的研究結果表明，施用生物有機肥后，盆栽葡萄土壤中放設菌和細菌等有益菌的數量明顯增加，其中放設菌含量達到7.6×108。

土壤是一個國家很重要的自然資源。沈其榮認為土壤基礎地力是實現作物產量潛力的關鍵因素， 就每千克化肥在不同作物上的平均增產效果而言，1975 年為25 kg 谷粒/kg 化肥、15 kg 油料/kg 化肥、10 kg 棉花/kg 化肥；2008 年為8~9 kg 谷粒/kg化肥、6～7 kg 油料/kg 化肥、5～6 kg 棉花/kg 化肥。化肥報酬的急劇下降表明，隨著化肥的長期使用，土壤的基礎地力正在逐漸減弱， 而土壤基礎地力的減弱已成為影響中國農業可持續發展和農作物高產、穩產的重要限制因素。

生物有機肥質量的優劣主要取決于其中所含益生菌的作用強度和活菌數量， 目前生物有機肥的生產中通常使用活性強且耐高溫、高滲、干旱等抗逆性較強的菌，且在生產過程中要考慮各種菌劑之間的相互作用，不可隨意混合。根據微生物在生產中的作用可分為發酵菌和功能菌。發酵菌多由復合菌系組成，具有促進物料分解、腐熟、除臭的功能，常用菌有酵母菌、光合細菌、乳酸菌、青霉、木霉、根霉等；功能菌是指能在產品中發揮特定的肥料效應的微生物，以固氮菌、溶磷菌、硅酸鹽細菌等為主，在物料腐熟后加入。

 有機肥：主要來源于植物和（或）動物，施于土壤以提供植物營養為其主要功用的含碳物料。生物有機肥：是指特定功用微生物與主要以動植物殘體（如畜禽糞便、農作物秸稈等）為來源并經無害化處置、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。特性不同、有機肥：經生物物質、動植物廢棄物、植物殘體加工而來，消弭了其中的有毒有害物質，富含大量有益物質。包括：多種有機酸、肽類以及包括氮、磷、鉀在內的豐厚的營養元素。不只能為農作物提供營養，而且肥效長。