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基本的益生元為碳水化合物，但定義并不排除被用作益生元的非碳水化合物物質：理論上來講，任何可以減少有害，而有益于促進健康的或活動的物質都可以叫作益生元。

一般認為益生元是給益生菌提供“食物”，益生元能夠被腸道內有益細菌分解吸收，促進有益細菌生長繁殖。 [4]  益生元給益生菌提供“食物”，能夠被腸道內有益細菌分解吸收，促進有益細菌生長繁殖。大家所熟悉的雙歧因子就是促進腸內雙歧生長的益生元。

益生菌通過增加腹瀉者腸道內有益菌的數量和活力抑制致病菌的生長，以恢復正常的菌群平衡，達到緩解腹瀉癥狀效果，對成人或小兒細菌腹瀉、菌痢、頑固性難治腹瀉有良好的預防和作用。

益生菌對和腹瀉兩難癥狀均有預防效果和一定。其實益生菌對它們的效果不僅是通過的平衡實現的，而且存在著益生菌對腸蠕動的雙向調節：時促進腸蠕動，加快糞便排出；腹瀉時消除刺激，減緩腸蠕動。

腸道細菌和的發病雖然沒有直接關系，但有害細菌在腸內占優勢時，會產生大量的有害物質，為了幫助，的負擔會大大增加。因為產生胰島素的與有密切關系，的負擔加重也會對胰島素的分泌產生影響。

從病理學上來講，對付的一個策略是減少胃腸道對葡萄糖的吸收，益生菌可以通過減少胃腸道對葡萄糖的吸收來。益生菌棲息在胃腸道的壁上會積極消耗葡萄糖，那么在體內輸送的葡萄糖就會減少，血液里的葡萄糖也就減少，而被用來制造肝糖的葡萄糖也減少了，一段時間后，身體能夠轉化為葡萄糖的肝糖也減少了。

還有一個策略就是加速葡萄糖的代謝。當腸道中有大量益生菌存在時，它們對食物的消耗會遠遠超過身體對食物的利用，吃下的食物就很少會被真正吸收。這樣，身體攝入的葡萄糖少了，也達到了控制血糖的目的。