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AB 4000 QTRAP系統具有較高的定量檢測靈敏度和特異性掃描功能，能在短時間內鑒別多種代謝產物。這樣，即使代謝物豐度較低，進樣也可以快速地完成代謝物的鑒定和表征。因為這個系統能檢測到多反應(MRM)離子對來觸發 MS/MS和MS3，所以你可以在確定代謝物存在的同時確認它們的結構。在此之前，實現上述目標需要在多個 MS平臺上進行多次分析，而現在，只需使用一個平臺，運行 LC/MS/MS進行分析即可完成。

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單次分析自動實現翻譯后修飾發現：利用信息依賴型采集(IDA)軟件，可以結合特殊的母離子(PI)和中性缺失(NL)掃描功能，實現對 PTM進行高靈敏度的 MS/MS掃描確認 PTM和確修飾位點，從而實現自動翻譯后修飾分析。與應用軟件相結合，使您具備了在單一LC-MS/MS分析中自動實現 PTM發現的能力。

確認發現的蛋白質生物標記：利用 MIDAS工作流程，你可以對在基因組學或蛋白質組學實驗中發現的蛋白質生物標記進行高通量的確認和定量分析。這種掃描方式只有 QTRAP系統能提供，它實現了 MRM定量分析和全掃描、高敏度 MS/MS確認相結合。利用這一工作流程，在試驗開發過程中不需要使用肽標準 gao來有效地完成 MRM/SRM試驗的開發。MS/MS全掃描數據對于 MRM離子的去除和去除具有重要意義，并且可以加速試驗設計，提高試驗的穩定性。

首先需要解決的瓶頸問題是毫秒內的等壓分離，因此， SCIEX在2009年推出了 SelexION?差分離子同位素技術，這是 SCIEX和俄羅斯科學家共同努力的結果，它是質譜系統整體的一部分，而不是液相系統的一部分。為使 SelexION差分分離子同位度技術充分發揮其商業潛力，還有五個問題需要解決。

另外三個瓶頸突破是如何將樣品傳送到質譜系統。采用開放探頭(Open Port Probe, OPP)技術傳送樣品，完全可以替代在液相色譜中必須使用的開關閥，自動取樣器，高壓泵和復雜的管道系統，從而簡化了整個液相流道。與此同時， OPP還提供在線樣品稀釋和連續自清潔功能，從而解決了樣品預處理和系統交叉污染問題。這項技術是基于2008年 SCIEX與橡樹嶺國家實驗室(Oak Ridge National Lab)簽訂的一項合作研究協定的成果，該協議也是一個先進的模型，人們對它寄予厚望。

OPP也提供了一種解決進樣速度和高密度樣品格式的方案。通過對 OPP的設計和改進，實現了利用聲波激勵實現樣品的、傳遞功能。拉布西特和 EDC已經開發出基于聲波激勵的微孔板， SCIEX也正在與兩家公司合作探索這一應用。SCIEX和 Labcyte公司當時在 SCIEX的紅木城廠(Redwood City facility)進行了一次使用 OPP的聲波激勵進樣試驗。

不管是哪種類型，它的原理和結構都是相似的，一般包括進樣系統、離子源、質量分析和離子檢測系統。圖解是一種離子光學原理裝置，通過進樣系統將經過離化室的氣體樣品經離子源離化成離束，在真空(133×10-5 pa)中通過窄縫 S進入一個曲形電場 E，通過調整電場電壓使離子束隨電場形狀彎曲進入半圓形磁場，離子束在受到磁場力的作用下發生質量分離，然后聚焦在不同位置，通過感光板 PM或離子采集器記錄得到質譜，從而完成對物質成分、含量及分布的測定。

GC-MS聯用儀的載氣是高純的---載氣， sciex質譜儀多少錢，純度大于99.999%，且在測試期間保留10%的鋼瓶氣體。每日檢查氣缸壓力，范圍在0.5-0.9毫巴，通常在0.6毫巴左右。經常檢查分子篩濾網和捕集阱是否堵塞，堵塞會導致壓力波動或上升。取代濾網和捕集阱的周期為一年。在基線不穩定、噪聲變大的情況下，是流路系統維護和檢測的時間，應及時進行檢測和維修。