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發酵飼料的生產整個流程是：菌的擴繁、菌與底物原料的混合、厭氧包裝、成品出庫。這其中牽扯到的必備的設備有菌擴繁罐、混合機、熱封口機，這三種是缺一不可的。首先一個菌擴繁罐對一般的小型客戶而言尤其是養殖戶自己生產用的情況下，可有可無，因為也可以直接購買成品的菌生產，但是對于飼料廠必須得上這個設備，可以降低一部分的成本。菌擴繁罐，簡單的說就是把原始菌進行擴繁，有由原來的十公斤擴繁成500公斤。

發酵飼料對腸道微生物的作用

人類和單胃動物的后腸含有數千種微生物，因此被認為是動物身體的另一個“系統”。飲食通常被認為是影響腸道微生物組成的重要因素之一，因為飲食成分的變化可能導致微生物群組成的快速變化。由于微生物群組成對宿主健康的許多方面有很大影響，因此它在維持健康方面起著重要作用。斷奶引起的應激使得仔豬腸道內乳酸菌數量減少，大腸菌等有害菌數量增多，有害菌在腸道定植會引發仔豬腹瀉等問題。

影響微生物發酵飼料使用效果的因素

微生物發酵飼料是活菌制劑，各種不良因素均能使其活性降低，甚至喪失作用。使用微生物發酵飼料的關鍵是保證這些微生物被混入飼料后，能保持活性，直至被采食進入動物腸道，并在腸道相應的部位定位繁殖。在飼料加工、貯存過程中，諸多因素都會對活性保持有不利影響，影響程度視微生物種類及形式不同而異。