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四極離子阱， QTrap從技術上講，傳統的 QQQ四極桿增加了輔助射頻，可以做選擇性激發；或者從功能上來說，給 QQQ提供了多級串級功能。優點：具有 MRM、 SRM、中性丟失和多級串級功能，非常適合未知樣品的結構分析。劣勢：或者是分辨率太低代表產品：ABI/Sciex,QTrap5500系列質譜：世界上靈敏的離子阱系統。線形離子阱， Linear Ion Trap增強版的3D離子阱好處：與傳統的3D離子阱相比，靈敏度提高了10倍以上；多層系列質譜。劣勢：與 QqQ相比， MRM或中性丟失等特征群篩選功能不能進行。代表產品：Thermo公司的 LTQ XL線性離子阱質譜儀：增強的二維線性離子阱質譜儀，具有的靈敏度和超快的循環時間，能保證在的時間內，以少的樣本獲得的質譜信息。

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線性與三維離子阱的比較研究這一對比也許是見的一幕-線型離子阱的靈敏度、分辨力、速度、通量等指標都優于傳統的3D離子阱。線型離子阱市場嚴重蠶食了3D離子阱市場，尤其是在中國質譜市場，由于用戶愛追新潮、求大求好，線型離子阱在中國市場上非常受歡迎。但事實上，線型離子阱在國外并不流行，尤其是一些老用戶，因為習慣了離子阱的指標，對于價格高的線型離子阱并不太流行，尤其是一些離子阱老用戶，對于價格高的線型離子阱來說，價格高的線型離子阱就不太流行了。四極桿飛行時間串聯質譜， QTOFQMS采用 QMS作為質量過濾器， TOFMS作為質量分析工具。

代表產品：英國 MSI公司的 AUTOCONCEPTGC-MS: Autoconcept比任何同類產品占用更少的場地，不需要額外的分析實驗室空間。Autoconcept在同類產品中以小尺寸。FT-ICR-MS，傅立葉變換質譜在質譜儀上，質量的精度超高，數月不用校正。但價格也是高得令人寒心。具分辨率的傅立葉變換質譜儀是科研設備。好處：能做多層次的系列，定極強；極高的分辨率；敏感度好。 劣勢：容積重；出售；它的速度更慢；維修費用很高。提供了罕見的全范圍的離子穩定性和的研究極分辨率，深入分析化合物同位素的精細結構，并獲得確定元素組成的詳細信息。

變換質譜 好處：高分辨率，60 k~120 kFWHM質量精度高；與FT-ICR相比，價格略低(~450 kUSD)。劣勢：無法單獨做串級；ICR的分辨率、靈敏度、穩定性等與FT-ICR仍有距離。代表產品：Thermo Orbitrap系列質譜；Thermo Scientific Q Exactive GC OrbitrapGC-MS/MS系統：不僅有三個四連桿GC-MS的定量能力，而且還有 Orbitrap技術所提供的高質量精度、全掃描高分辨率和的質量數據能力。Orbitrap與FT-ICR-MS的技術對比： Orbitrap與原來的“超導磁體傅立葉變換離子回旋共振質譜”(SCFT-ICR-MS，簡稱 FTMS)有很多不同之處。Orbitrap相當于一個輕量級的 FTMS，維護簡單，相當于 TOF；在指標上稍遜于 FTMS，但優于普通質譜。Orbitrap的分辨率低于 FTMS。兩者的取樣速度相等，但比 TOF、四極桿、離子阱更慢。兩種方法都能通過減少采樣時間來提高采樣速度，但這是以犧牲分辨率為代價的。

六通閥的正確使用與維護①樣品進樣前，要用0.45μ的濾膜過濾，以減少微粒對進樣閥的磨損。②旋轉閥芯時不要太慢，不要停留在中間位置，否則流動相受阻，使泵內壓力急劇上升，甚至超過了泵的壓力；再轉到進樣位置，過高的壓力會使柱頭損壞。③為了防止進樣閥內的緩沖鹽及樣品殘留，每次分析結束后應沖洗進樣閥。一般可采用清水沖洗，或先用溶樣溶劑沖洗，再用清水沖洗。

有關流動相1.無過濾的流動相由于柱塞、密封環、氣缸體和單向閥等雜質顆粒都會磨損，因此，應該預先清除流動相中的任何固體顆粒。好的流動相是在玻璃容器中蒸餾，而通常的過濾方法是濾過，可以使用 Millipore濾膜(0.2μ m或0.45μ m)等過濾器。泵入口處應接砂濾棒(或片)。應該經常清洗或更換輸液泵的濾器。泵用后不能及時清洗移動相中不得含有腐蝕性物質，含有緩沖液的流動相不能留在泵中，特別是當泵停泵過夜或更久時。若含有緩沖液的流動相留在泵中，可能會析出鹽的微晶，如上述固體顆粒那樣損壞密封環和柱塞，甚至只是因為溶液處于靜止狀態時，會析出。所以，必須用純水將泵完全清洗干凈，然后換成適合于保存色譜柱和有利于泵維護的溶劑(對于反相鍵合硅膠固定相，可能是或-水)。