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 過磷酸鈣和鈣鎂磷肥直接施入泥土，容易同泥土中的鐵、鋁、鈣等元素聯結，生成難溶性的磷酸物而被固定，造成有效養分喪失。若與有機肥混雜施用，不僅可減少與泥土接觸面，減少泥土與化肥的固定機會，而且可使磷肥中那些難溶性的磷轉化成作物能利用的有效磷，提高磷肥的肥效。4、改良泥土結構，增進延續增產。長期單施化肥會被損壞泥土的團粒結構，造成泥土粘重板結，下降耕作性能和供肥性能。有機肥含有豐盛的有機質，可活化蓬松泥土，下降容量；可改良泥土的水、肥、氣、熱等理化性狀；調節酸堿度。二者混用，既可提高產量，又可增進農業的可延續性發展。5、減少用量，降低污染。有機肥和化肥混合搭配，可以減少化肥施用量30%—50%，一方面從化肥使用量減少對土地污染。另一方面則是因部分有機肥可以降解土壤中化肥殘留。6、增進微生物活動，增長泥土養分。有機肥是微生物生活的能源，化肥是微生物生長的無機營養，二者混用增進微生物活動，進而增進有機肥的分解，產生大批二氧化碳和有機酸，有助于泥土中難溶性養分溶解，供給作物吸收。

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生物有機肥對土壤的作用：1.施放養分、提高肥效。生物有機肥鐘含有許多有機酸、腐殖酸、羥基等物質，它們都具有很強的螯合能力，能與許多金屬元素如錳、鋁、鐵等螯合形成螯合物，可減少錳離子對作物的危害。又可防止鋁與磷結合成很難被作物吸收的閉蓄態磷而無效化，大大提高土壤有效態磷的有效性。同時，微生物在自身生理活動中也能分解被固化的營養物質，促進有機質轉化成植物易吸收的態營養，提升肥料。所以在化肥使用過量的土地上搭配使用生物有機肥，可以實現減量不減產，改良土壤，培肥地力的效果。2.改善土壤理化性質。微生物可以促進土壤團粒結構的合成，而有機—無機團聚體是土壤肥沃的重要指標，它含量越多，土壤物理性質越好，土壤越肥沃，保土、保水、保肥能力越強，通氣性能越好，越有利于作物根系生長。板結的土地之所以不易于耕種，就是因為其團粒結構差，土壤不透氣，不保水，根系及有益活性菌難以生長，因此作物發育不了，極易得病。

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有機肥營養元素齊全，能夠改良土壤。鹽堿地的共性是有機質含量低，土壤理化性狀差，對作物生長有害的陰、陽離子多，土壤肥力低，作物不易促苗。施用有機肥能提高土壤肥力，改善土壤結構，減少毛細管水運動的速度和水分的無效蒸發，有明顯的抑制返鹽效果。施用有機肥后還能增加土壤有效鈣的含量，同時微生物分解有機質產生的有機酸也能使土壤吸附的鈣活化，加強了對土壤吸附性鈉的置換作用，導致脫鹽脫堿。在有機肥的作用下，鹽堿地的有害離子含量和pH值明顯降低，土壤緩沖性能增加，提高了作物的耐鹽堿性。鹽堿地不易發苗，施肥總的原則是增施有機肥，適當控制化肥施用。基肥要多施有機質含量高的生物有機肥，減少化肥施用量，而化肥盡量不靠近種子，以免增加土壤溶液濃度，影響發芽。