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財政財務審計在審計產生以后的很長一段時期都居于主導地位，因此可以說是一種傳統的審計；又因為這種審計主要是依照國家法律和各種財經方針政策、管理規程進行的，故又稱為依法審計。我國審計機關在開展財政財務審計的過程中，如果發現被審單位和人員存在嚴重違反國家財經法規、國家資財、損害國家利益的行為，往往會立專案進行深入審查，以查清事實，作出相應處罰。這種專案審計一般稱為財經法紀審計，它實質上只是財政財務審計的深化。

對財務報表有關內容的審計是財務報表審計的，即對財務報表中有關數據進行審查分析，驗證報表中的數據是否真實正確地反映企業的財務狀況、經營成果和現金流動，并進一步觀察企業經營活動的合規性、合法性和有效性。由于各種財務報表的性質不同，反映的內容不同，審計人員所審計的內容和方法上也不盡相同。如資產負債表是靜態報表，反映某一時點的財務狀況，它的資料來源主要來自資產、負債和資本等賬戶。這類賬戶屬于實賬戶，既有余額可供核算，又有實物可供盤點，還可以經過調查分析取證以及進行平衡分析、結構分析等，以證實報表數據的真實性;但損益表卻不同，其性質屬于動態報表，反映的是某一時期的經營過程和結果，其資料來源于收入、成本費用等賬戶，一般無余額，也無實物供盤點，往往需要通過計算、攤銷、分配才能得出其報表項目數所以對它們的審計應采用不同的方法，以獲取審計證據，取得審計成果。

制度基礎審計是以內部控制系統為主要審查對象的一種審計方法。其目的是鑒證報表的合法性、公允性；具體方法是在評價內部控制基礎上的抽樣并對內部控制系統進行評價。如果評價的結果證明內部控制系統值得信賴，在實質性檢查階段只抽取少量樣本便可以得出審計結論；如果評價結果認為內部控制系統不可靠，就應根據內部控制的具體情況擴大審查范圍。可見，制度基礎審計將重點放在對于系統內各個控制環節的審查上，目的在于發現控制系統中的薄弱環節，找出問題發生的根源，然后針對這些環節擴大檢查范圍。