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發酵飼料的原料很多，按來源可分為：餅粕類，糧食加工廠的副產品類，微生物發酵加工廠的下腳料類，菌菇生產的基料，果蔬加工廠的下腳料類，植物的根、莖、葉類，畜禽屠宰場的下腳料類，水產品加工廠的下腳料類，薯渣類等。隨著發酵飼料技術的日漸成熟及工藝設備的不斷完善，更多的自然界產生的有機物及更多的加工副產物將成為發酵飼料的原料，利用率得到進一步的提高。

生產中常用的益生菌分為三類：一類是乳酸菌。它是指以乳酸為主要產物的革蘭氏陽性菌。按其代謝模式可分為雙歧、同型發酵乳酸菌、兼性異型發酵乳酸菌以及專性異型發酵乳酸菌。應用類型有乳酸雙歧、干酪乳、發酵乳、植物乳、羅伊氏乳。第二類是芽孢。芽孢是革蘭氏陽性菌，能形成孢子，是傳統發酵豆制品的重要菌株，能分泌多種水解酶，包括多糖酶、蛋白酶及核酸酶,能有效利用非淀粉多糖和寡糖,有效降解大豆等飼料原料中的抗營養因子。生產中應用的主要為枯草芽孢和地衣芽孢。第三類為酵母菌。酵母菌屬兼性好氧菌，在好氧條件下進行好氧呼吸能將有機物完全氧化成二氧化碳、水，而在缺氧條件下將糖發酵成乙醇。酵母菌可產生氧化還原酶、脂肪酶蛋白酶、內源糖苷酶、木聚糖酶、內源葡聚糖酶、脫氫酶、脫羧酶、磷酸酶等。

微生物發酵飼料作為一種新型飼料添加劑，來源廣泛，資源豐富，通過微生物發酵工藝將農業廢棄物轉化為有用的產品，有效的降低環境污染，解決人畜爭糧問題。微生物發酵飼料市場前景廣闊，近年來應用科學，發酵工程等相關學科的飛速發展，為微生物發酵飼料的發展提供了良好的理論基礎。換言之，微生物發酵飼料在將來的推廣應用會越來越科學化，普遍化，會為廣大養殖者們帶來理想的經濟效益，使用微生物發酵飼料會是養殖行業的發展趨勢。