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發布時間:2021-08-27 14:15  
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單核苷酸多態性( SNP )實驗
SNP (Single Nucleotide Polymorphisn即單核苷酸多態性 ,是由于單個核苷酸改變而導致的核酸序列多態性(Polymorphism)。平臺成熟可靠:采用Agilent原位噴墨合成技術,了高檢測靈敏度和特異性。據估計,在人類基因組中,大約每千個堿基中有一個SNP ,無論是比較于度多態性(RFLP)分析還是微標記(STR) ,都要廣泛得多。
實驗方法原理:
SNP (Single Nucleotide Polymorphisn即單核苷酸多態性,是由于單個核苷酸改變而導致的核酸序列多態性(Polymorphism)。據估計,在人類基因組中,大約每千個堿基中有一個SNP ,無論是比較于限制性段長度多態性(RFLP)分析還是微標記(STR) ,都要廣泛得多。SNP是我們考察遺傳變異的單位,據估計,人類的所有群體中大約存在一千萬個SNP位點。-般:在93°C預變性3-5min,進入循環擴增階段:93°C40s→58°C30s→72°C60s,循環30-35次,后在72°C保溫7min。-般認為,相鄰的SNPs傾向于一起遺傳給后代。 于是,我們把位于染色體上某一區域的一組相關聯的SNP等位位點稱作單體型( haplotype b大多數染色體區域只有少數幾個常見的單體型(每個具有至少5%的頻率),它們代表了一個群體中人與人之間的大部分多態性。-個染色體區域可以有很多SNP位點,但是我們一-旦掌握了這個區域的單體型,就可以只使用少數幾個標簽SNPs(tagSNP)來進行基因分型,獲取大部分的遺傳多態模式。
STR檢測
短串聯重復(Short tandem repeats, STR),又稱微wei星DNA(Microsatellite DNA)或簡單重復序列(Simple repeat sequence, SRS或SSR),是廣泛存在于原核生物和真核生物基因組中的核苷酸重復序列。轉錄組研究是基因功能及基因結構等研究的基礎,通過新一代高通量測序,能夠快速的獲得某一物種特定組織或在某一狀態下的幾乎所有轉錄本序列信息,已廣泛應用于臨床診斷、基礎研究和研發等領域。有絲分裂過程中DNA鏈之間的錯配引起的fu制滑動被認為是導致STR產生的較為常見原因,并且依據不同fu制單元大小的不同以及不同物種之間,fu制滑動發生的概率也不相同。
STR是以核心序列 (core repeat units) 首尾相連多次重復形成。每個STR的核心序列結構相同,長度為2-6bp,但其重復單位數目和重復區域的長度不同,因此STR在不同種族、不同人群之間的分布具有差異性,構成了STR遺傳多態性。RNAi提供了一種經濟、快捷、gao效的抑制特異基因表達的技術手段,該技術已被廣泛用于研究基因功能和chuan染性疾病及惡xingzhong瘤基因zhi療領域。不同個體之間在一個同源STR位點的重復次數也不同,因而同指紋識別一樣,STR位點分析也可對個體進行身份識別。通過識別個體基因組在特定位點的特定序列重復,即可創建其基因檔案。基于此,STR分析法已經成為一種重要的鑒定分析方法,應用于法醫學、qin子鑒定及細胞鑒定等領域。
二、使用說明
1、裝載探針
對于刺激時間較短(通常為2小時以內)的細胞,先裝載探針,后用活性氧陽性對照及自己感興趣的刺激細胞。對于細胞刺激
時間較長(通常為6小時以上)的細胞,先用活性氧陽性對照及自己感興趣的刺激細胞,后裝載探針。
原位裝載探針:本方法僅適用于貼壁培養細胞。按照1:1000用無培養液稀釋DCFH-DA,使終濃度為10微摩爾/升。去除細胞培養液,加入適當體積稀釋好的DCFH-DA。染色質免l疫沉淀分析(ChIP)的基本原理是在活l細胞狀態下,當用甲醛處理時,相互靠近的蛋白與蛋白、蛋白與核酸(DNA或RNA)之間會產生共價鍵。加入的體積以能充分蓋住細胞為宜,通常對于六孔板的一個孔加入稀釋好的DCFH-DA的體積為1毫升。37℃細胞培養箱內孵育20分鐘。用無細胞培養液洗滌細胞三次,以充分去除未進入細胞內的DCFH-DA。