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發酵飼料質量評定包括營養性、安全性和飼養價值這三個主要方面。要生產出質量佳且安全的飼料，需要對發酵這種多維過程進行適當的控制。在不適當或不受控制的發酵條件下，會損害飼料的衛生質量和營養價值。有害菌檢測包括腸科和霉菌，其標準應低于國標規定。乳酸、和乙醇等含量不宜過高，以避免對終產品的適口性和酸產生影響。

發酵飼料對腸道微生物的作用

人類和單胃動物的后腸含有數千種微生物，因此被認為是動物身體的另一個“系統”。飲食通常被認為是影響腸道微生物組成的重要因素之一，因為飲食成分的變化可能導致微生物群組成的快速變化。由于微生物群組成對宿主健康的許多方面有很大影響，因此它在維持健康方面起著重要作用。斷奶引起的應激使得仔豬腸道內乳酸菌數量減少，大腸菌等有害菌數量增多，有害菌在腸道定植會引發仔豬腹瀉等問題。

動物腸道有益微生物的功能①維持腸道微生態平衡：腸道內有益微生物在定性、 定量和定位等方面保持平衡狀態， 從而維持腸道微生態平衡。有益微生物一旦平衡失調，將導致動物體生產性能下降和發病。②生物奪氧：需氧微生物，消耗腸道內的氧氣，形成厭氧環境，抑制有害需氧菌和兼性的增殖，防止發病。③生物頡頏作用：有益微生物與病原微生物競爭腸黏膜上皮細胞粘附位點，形成產生頡頏作用。④增強機體功能：刺激、激發機體體液和細胞，增強機體的和抗病力。⑤產生營養物質：有益微生物產生消化酶和營養物質，參與機體新陳代謝。