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有的有機肥料改良土壤，培肥地力的作用大一些，如秸稈、草炭、堆肥等等；施肥方法及注意事項做基肥效果好，也可作追肥，可采用穴施溝施或條施，只有育苗和密植型小菜類才采用撒施。有的有機肥料則以供應農作物所需養分為主，如人糞尿、雞糞等等，這種差別主要視不同有機肥料中有機質和含氮量之間的比例而定。有機質的結構物質主要是碳（C），所以這種比例稱為碳氮化（C/N），C/N大于30的有機肥料其作用以改土為主，C/N小于30的有機肥料其作用以供應養分為主。作物秸稈的C/N在100左右，施入土中，改良土壤的作用很大，由于所含氮素數量很少，在分解腐爛過程中不僅不能釋放出氮素，還要從土壤中吸收氮，秸稈還田時有的地方要加施一點化學氮肥才能加速腐解過程。

人糞尿人體排泄的尿和糞的混合物。人糞約含70%～80%水分，20%的有機質（纖維類、脂肪類、蛋白質和硅、磷、鈣、鎂、鉀、鈉等鹽類及綠化物），少量糞臭質、糞膽質和色素等。人尿含水分和尿素、鹽、尿酸、馬尿酸、磷酸鹽、銨鹽、微量元素及生長素等。人糞尿中常混有病菌和蟲卵，施前應進行無害化處理，以免污染環境。人糞尿碳氮比（C/N）較低，極易分解；含氮素較多，腐熟后可作速氮肥用，作基肥或追肥均可，宜與磷、鉀肥配合施用。但不能與堿性肥料（草木灰、石灰）混用；每次用量不宜過多；旱地應加水稀釋，施后復土；此外，化肥不能與種子堆放在一起，也不要用化肥袋裝種子，以免影響種子發芽。水田應結合耕田，淺水勻潑，以免揮發、流失和使作物徒長。忌綠作物不宜用，以免影響品質。

有機肥料含有植物需要的大量營養成分，對植物的養分供給比較平緩持久，有很長的后效。有機肥料還含有多種微量元素。由于有機肥料中各種營養元素比較完全，而且這些物質完全是沒有毒、無害、無污染的自然物質，這就為生產高產、好的、無污染的綠色食品提供了必須條件。有機肥料含有多種糖類，施用有機肥增加了土壤中各種糖類。有了糖類，有了有機物在降解中釋放的大量能量，土壤微生物的生長、發育、繁殖活動就有了能源。施用有機肥料能改善土壤結構，有效地協調土壤中的水、肥、氣、熱，提高土壤肥力和土地生產力。