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DNA連接酶不需要模板，因為DNA連接酶是將DNA雙鏈上的兩個缺口同時連接起來。用DNA連接酶連接具互補粘性末端的DNA1片段或是用T4DNA連接酶直接將平末端的DNA1片段連接起來。

DNA聚合酶是以一條DNA鏈為模板，將單個核苷酸通過磷酸二酯鍵形成一條與模板鏈互補的DNA鏈。DNA聚合酶的結構是三磷酸腺苷。

堿性磷酸酶（ALP或AKP）是廣泛分布于人體肝1臟、骨骼、腸、shen和胎1盤等組織經肝1臟向膽外排出的一種酶。這種酶能催化核酸分子脫掉5’磷酸基團，從而使DNA或RNA部分片段的5’-P末端轉換成5’-OH末端。但它不是單一的酶，而是一組同功酶。目前已發現有AKP1、AKP2、AKP3、AKP4、AKP5與AKP6六種同功酶。其中第yi、2、6種均來自肝1臟，第3種來自骨細胞，第4種產生于胎1盤及癌細胞，而第5種則來自小1腸絨毛上皮與成纖維細胞。



長基因組序列、特別是包含大的基因簇的那些的克1隆對于產生medicine和生物燃料的合成生物學和基因工程工作特別重要。傳統的基于PCR的克1隆方法通常受限于DNA模板的長度和GC含量：標準的PCR反應常規產生至多10 kb的片段，而更長的PCR產物需要反應條件的繁瑣優化，并且甚至在理想條件下，通常受限于35 kb5。或者，可通過裝配多個短片段，例如重疊PCR產物或化學合成的DNA寡聚物，產生長的目的基因組序列，但這樣的方法趨于耗時和昂貴，特別是對于獲得長于50 kb的序列(其通常需要3-5階段，每個包含多個裝配事件)6,7。獲得長的基因組序列的另一方法是通過基因組DNA的限制性酶消化。



當DNA聚合酶 III沿著滯后鏈模板移動時，由特異的引發酶催化合成的RNA引物即可以由DNA聚合酶 III所延伸，合成DNA。當合成的DNA鏈到達前一次合成的岡崎片段的位置時，滯后鏈模板及剛合成的岡崎片段從DNA聚合酶 III上釋放出來。由于copy叉繼續向前運動，便又產生了一段單鏈的滯后鏈模板，它重新環繞DNA聚合酶 III,通過DNA聚合酶III開始合成新的滯后鏈岡崎片段。通過這種機制，前導鏈的合成不會超過滯后鏈太多，這樣引發體在DNA鏈上和DNA聚合酶 III以同一速度移動。在copy叉附近，形成了以DNA聚合酶 III二聚體、引發體和解旋酶構成的類似核糖體大小的以物理方式結合成的復合體，稱為DNA copy體。copy體在DNA前導鏈模板和滯后鏈模板上移動時便合成了連續的DNA前導鏈，以及由許多岡崎片段組成的滯后鏈。當岡崎片段形成后，DNA聚合酶I通過其 5'→3'外切酶活性切除岡崎片段上的RNA引物，并利用后一個岡崎片段作為引物由 5'→3'合成DNA填補缺口。zui后由DNA連接酶將岡崎片段連接起來，形成完整的DNA滯后鏈。