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環(huán)境監(jiān)測的過程一般為接受任務(wù)，現(xiàn)場調(diào)查和收資料，監(jiān)測計劃設(shè)計，優(yōu)化布點，樣品采集，樣品運輸和保存，樣品的預(yù)處理，分析測試，數(shù)據(jù)處理，綜合評價等。

針對特定目的科學(xué)研究而進行的高層次監(jiān)測。進行這類監(jiān)測事先必須制定周密的研究計劃，并聯(lián)合多個部門、多個學(xué)科協(xié)作共同完成。

生態(tài)環(huán)境監(jiān)測機構(gòu)應(yīng)建立和保持檢測設(shè)備和實施管理程序，應(yīng)有計劃地實施檢定和校準(zhǔn)。所有需要檢定和校準(zhǔn)的，或有有效期的的設(shè)備，應(yīng)使用標(biāo)簽標(biāo)識，進行管理。

生態(tài)環(huán)境監(jiān)測機構(gòu)應(yīng)建立和保持標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的管理程序，標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)應(yīng)采用有證標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)證書，并在有效期內(nèi)使用，并應(yīng)對其進行期間核查管理。