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 在眾多的生物實驗室，分子生物學檢測方法如PCR因其高靈敏度、快速、操作方便等優勢已經被廣泛應用，不過正是由于它靈敏度極高，微量的污染源都有可能導致檢測結果的假陽性，所以對環境污染的控制也極為嚴格。面對眾多的污染源，比如樣本交叉污染、試劑儀器交叉污染、質粒污染、PCR擴增產物污染、還有極容易忽視的氣溶膠污染，氣溶膠是由固體或液體小質點分散并懸浮在氣體介質中形成的膠體分散體系，在空氣與液體面摩擦時，比如在操作時比較劇烈地搖動反應管，開蓋時、吸樣時及污染進樣槍的反復吸樣都可形成氣溶膠而污染。據計算一個氣溶膠顆粒可含48000拷貝，因而由其造成的污染是一個非常重要而被忽視的污染源。

 檢測過程對可能出現的假陽性和假陰性進行質量控制，除了檢測商品試劑盒所提供陽性和陰性對照外，每次臨床樣本檢測時，至少應當有1份弱陽性和3份陰性質控樣本（多份陰性質控樣本設置對實驗室“污染”所致假陽性的監控更為有效），隨機放在所檢測標本的中間。弱陽性質控樣本可為檢測陽性的滅活稀釋后保存的臨床樣本、滅活病毒或假病毒顆粒等，如所采用的商品化試劑盒有“內標”控制假陰性，或弱陽性質控樣本來源困難，可暫不設弱陽性質控。陰性質控樣本采用標本采集管內溶液即可。質控樣本應與臨床標本同等對待，參與樣本核酸提取和擴增檢測全過程。

數據分析軟件：這是NGS實驗室特有的環節，實驗室需要用商品試劑配套的軟件進行數據分析，并確認使用軟件的版本和數據庫的現行有效版本；數據需要專業的生信人員進行分析，需要在數據預處理、數據比對、數據質控、分析判斷等每個流程進行質控，確保數據分析的準確性。檢查人員強調，實驗室安全關系到全監測站每一位職工的安全，特別是有毒有害試劑的存放管理要嚴格、規范，有毒有害試劑的泄漏、流出和使用不當均會帶來不可估計的損失，要做到“全覆蓋、零容忍”，堅決杜絕有毒有害試劑事故的發生，確保職工的人身財產安全，維護單位工作環境和諧穩定。