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有的研究認為菹草的適宜生長溫度為10℃-20℃:陳洪達研究發現水溫與菹草凈產氧量呈曲線相關，水溫為16℃左右，菹草凈產氧量高，21℃時毛產氧量高。研究也表明水溫為10℃-35℃時，菹草頂枝光合作用凈產氧量、毛產氧量都與溫度呈曲線相關，20℃附近菹草光合作用產氧量高，適宜的生長溫度為15 ℃ -25 ℃。作者認為不同的結論和各人所使用的材料差異有關。 溫度對沉水植物光合作用有顯著的影響。在不同的沉水植物中已發現與溫度有關的光合速率存在著很大差異。

任何一個生態因子如溫度、光照，在數量或質量上不足或過多，即接近或達到某種生物的耐受性限度時會使該生物退或不能生存。全國有分布的沉水植物即表現為較寬的生態幅（廣鹽性、廣溫性、廣光性等），比如穗狀狐尾藻（Myriophyllum spicatum L.）既可生長在淡水中，也可生長在鹽度小于10‰的咸水中。這些植物但盡管能適應較寬生態幅，卻能主動從形態、生理、行為等方面對自身進行調整。比如輪葉黑藻（Hydrilla verticillata），每年進入11月份，長江中下游及以北地區慢慢凋亡，從新芽停止生長到老葉脫落到根莖的腐爛，周期持續約1個月，當然也有少量可以保持很綠沒有腐爛的情況。

研究發現，在富營養湖泊(氮0.93mg/L；磷0.33 mg/L)，附著藻對沉水植物的遮陰達到86%。當水體中磷濃度大于0.05 mg/L時，藻類大量生長形成水華；藻類釋放的有色溶解有機顆粒物(Particulate Organic Matter,POM)增加光散射，導致光衰減(藍光，波長476~495nm)也隨之增加，從而影響沉水植物的光吸收效率，引起水體底層缺氧及植物根系腐爛等現象發生。水華暴發形成氣泡浮渣也會增加光的衰減，對沉水植物造成影響。藻類形成的附著生物膜不僅影響沉水植物葉片表面的光吸收，還阻礙葉片對無機碳的吸收，影響碳酸鹽在葉片表面的擴散 。