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微生物的個主要功能是分解土壤有機質。例如，施用到土壤上的作物和有機肥的殘余根和葉只能通過土壤微生物的作用分解，釋放營養元素供作物使用，形成腐殖質，并改善土壤的結構和耕作。同樣的土壤有機質也是微生物的生存和繁殖，谷物微生物不能從土壤有機質中分離出來。這兩者相輔相成。微生物可以促進營養吸收。提高肥料利用率。添加到生物肥料中的不同類型的菌具有不同的功能。例如，“枯草芽孢菌軍”可以提高作物的抗逆性和固氮能力。“大孢子菌”能分解磷(磷細菌)，對土壤中有機磷有很好的降解效果。膠凝芽孢能溶解鉀，釋放可溶性磷、鉀元素以及鈣、硫、鎂、鐵、鋅、鉬、錳等中微量元素。膠質孢子棒菌具有溶解磷、釋放鉀和固定氮的功能。

乳酸菌群(厭氧)以嗜酸乳棒菌(rod jun)為主，它通過攝取光合細菌酵母產生的糖類來形成乳酸。乳酸具有很強的殺菌能力，能有效抑制有害微生物的活性和有機物的急劇降解。它能分解在正常條件下難以分解的木質素和纖維素，并發酵分解有機物。它還具有抑制連作障礙的致病性擴散的作用，使有害線蟲急劇減少，作物將迅速恢復生長。酵母(需氧)利用植物根產生的分泌物和光合細菌合成的氨基酸和碳水化合物來發揮發酵能力，合成促進根生長和細胞分裂的活性物質。當其他細菌繁殖時，它提供重要的營養支持，同時它也為動物單獨提供不可或缺的營養。

降低了澆水后肥料濃度過高和土壤溶液濃度過高的問題。根系在高濃度土壤溶液中會發生質壁分離，導致缺水，導致植物根系燃燒和幼苗燃燒，導致硅。合理使用微生物菌劑可以防止化肥造成的土壤溶液濃度差的問題，保證根系吸收養分。3.預防土傳病蟲害也是抑制根系生長的主要因素。例如，在種植gan并根結線蟲后，許多幼苗在根際被而形成根結，這阻礙了根系對水和肥料的吸收并阻礙了生長。如果防治不及時，根結線蟲將造成嚴重危害，這可能導致根際腐爛，甚至為其他土傳病害提供機會，導致幼苗。