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土壤理化性狀的改善，加強了土壤有益微生物的活動，從而大限度促使有機物分解轉化，產生多種營養物質和刺激性物質，反過來又刺激微生物的生長發育，促進作物生長，達到增產增收的目的。另外，功能性微生物在作物根系周圍形成優勢種群，抑制或拮抗有害病原菌的生長繁殖，減輕了作物發生病害的程度，進而起到增加產量的作用。有機肥料中的主要物質是有機質，施用有機肥料增加了土壤中有機質的含量。

肥料是指提供一種或一種以上植物必需的營養元素，改善土壤性質、提高土壤肥力水平的一類物質，是農業生產的物質基礎之一。主要包括磷酸銨類肥料、大量元素水溶性肥料、中量元素肥料、生物肥料、有機肥料、多維場能濃縮有機肥等。

隨著近代化學工業的興起和發展，各種化學肥料相繼問世。18 世紀中葉， 磷分為單元肥料（僅含一種養分元素）和復合肥料(含兩種或兩種以上養分元素)，前者如氮肥、磷肥和鉀肥；后者如氮磷、氮鉀和磷鉀的二元復合肥以及氮磷鉀三元復合肥。

有機肥料包括有機氮肥、合成有機氮肥等。中國習慣使用的有人畜禽糞尿、綠肥、廄肥、堆肥、漚肥和沼氣肥等。有機無機肥料即半有機肥料，是有機肥料與無機肥料通過機械混合或化學反應而成的肥料。

堆肥腐熟良好的條件：①水分。保持適當的含水量，是促進微生物活動和堆肥發酵的首要條件。一般以堆肥材料量大持水量的60%～75%為宜。②通氣。保持堆中有適當的空氣，有利好氣微生物的繁殖和活動，促進有機物分解。高溫堆肥時更應注意堆積松緊適度，以利通氣。③保持中性或微堿性環境。可適量加入石灰或石灰性土壤，中和調節酸度，促進微生物繁殖和活動。④碳氮比。微生物對有機質正常分解作用的碳氮比為25∶1。而豆科綠肥碳氮比為15～25∶1、雜草為25～45∶1、禾本科作物莖稈為60～100∶1。因此根據堆肥材料的種類，加入適量的含氮較高的物質，以降低碳氮比值，促進微生物活動。大量的硫酸鈣(石膏)用于改良鹽堿地或被海水淹沒過的土壤，有良好的效果。

肥料處理編輯有機肥料無害化處理的堆、漚方法也很多，但是上海有機蔬菜肥料是采用EM堆腐法、自制發酵催熟堆腐法和工廠化無害化處理等。如以人糞收集利用率按60%、人尿30%計算，中國農村人口有9億，折合為成年人，每年就可積攢人糞尿1600多億公斤，可為農業生產提供氮素90萬噸，磷素28萬噸，鉀素34萬噸。EM堆腐法EM是一種好氧和嫌氧有效微生物群，主要由光合細菌、酵母菌和乳酸菌等組成，在農業和環保上有廣泛的用途。它具有除臭、殺蟲、殺菌、凈化環境和促進植物生長等多種功能。用它處理人、畜糞便作堆肥，可以起到無害化作用。其具體方法如下：（1）購買EM原液。然后，按清水100毫升和蜜糖或紅糖20--40克、M酪100毫升、燒酒（含酒精30%～35%）100毫升和EM原液50毫升的配方，配制成備用液。

其他肥料此外還有泥肥、熏土、坑土、糟渣和餅肥等。土肥類應經存放和晾干、糟渣和餅肥經腐熟后用作基肥。