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RNA提取

1.棄去培養液，用PBS清洗兩次1-2。

2.棄去PBS，用1000u1槍吸干凈殘余PBS。

3.加1ml TRIZOL研磨B 41。

4. 1.5mIEP管標號與每孔相對應備用。

5.研磨好的溶液轉移至對應的 EP管中國。

6.往每個EP管中加入250ul，劇烈震蕩30s， 冰上靜置12min[問l。

7. 所有樣品4C離心，轉速: 13500轉1分鐘，時間: 15min.

8. 再次標記一批同樣編號EP管。

9.離心后吸上清液400u1移入相應編號的EP管中，再加入400ul異充

分混勻。4C冰箱35min。

10. 4C離心，轉速: 13500轉1分鐘，時間: 10min.

11.棄去.上清液，加1m175%乙醇，輕搖7]。

12. 4C離心，10600轉/分鐘，時間: 5min.

13. 棄上清液濾紙吸干。

14. 加DEPC水10ul溶解，-80C保存。進行逆轉錄前測濃度。

組織RNA提取

1、剪米粒大小組織塊放入EP管中標號。

2、EP管中加300ul trizol浸泡30分鐘或更久。

3、用研磨棒研磨，以肉眼很難看到組織為宜。

4、加700u1 trizol靜 置5分鐘。

  全轉錄組測序    

全轉錄組是指特定組織或細胞在特定狀態下所有轉錄產物的總和，包括mRNA和各種noncoding RNA。我們知道生物體本身的轉錄過程是一個動態變化且十分復雜的分子作用網絡，如果只是對某個單一RNA分子的研究，有時并不能準確的發現分子作用機制。12000r/min于4C離心5min,小心棄上清和管壁的液珠，真空干燥沉淀10~15min。而競爭性內源RNA(ceRNA)理論闡述了一種全新的轉錄調控模式：ceRNA（包括lncRNA、circRNA、mRNA、假基因等）分子能夠通過miRNA應答元件（microRNA Respe Element, MRE）競爭性地結合相同的miRNA來調節彼此的表達水平。舉個例子：miRNA會導致基因沉默現象發生，而如果lncRNA競爭性結合了miRNA，從而影響了miRNA基因沉默功能實現。

      ceRNA是目前轉錄調控領域的熱點內容之一，通過全轉錄組研究能夠系統性的闡述ceRNA的分子作用機制。目前對全轉錄組簡便的方法就是構建2個測序文庫分別進行測序。標準的生物信息學分析能夠得到mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA各自的研究內容，靶向調控網絡、ceRNA網絡、共表達網絡分析可以將這幾種RNA聯合起來分析，從而發現新的調控網絡模型。去除rRNA的鏈特異性文庫，含有的RNA信息含量十分豐富，通過測序和生物信息學分析能夠得到mRNA、lncRNA、circRNA的鑒定及注釋信息。以zui小點面積30，平滑度2為主要參數zui大限度檢測蛋白質點。不過該文庫構建時會進行片段化選擇從而濾掉了small RNA的信息，所以需要另外再構建一個small RNA文庫，進行測序分析后可以得到miRNA和其他small RNA的鑒定及注釋信息。全轉錄組測序方案路線圖如下所示：

蛋白質質譜鑒定服務

蛋白質（protein）是有機大分子，是構成細胞的基本有機物和生命活動的主要承擔者。蛋白質在催化生命體內各種反應進行、新陳代謝、抵御外來物質入l侵及控制遺傳信息等方面都起著重要的作用。蛋白質的一級結構是氨基酸序列，通過鑒定氨基酸序列來匹配它的蛋白質，這是定性研究，是蛋白質組學的基礎，也是蛋白質組學的重要技術之一。此外，Illumina還捕獲了未翻譯的區域，這是NimbleGen和安捷倫平臺無法靶定的。

質譜一般由離子源、質量分析器（Mass analyzer）和離子檢測器（Detector）三部分組成。傳統的質譜僅用于小分子揮發物質的分析，但隨著新的離子化技術的出現，如基質輔助激光解析電離飛行時間質譜(MALDI-TOF)和電噴霧電離質譜(ESI-MS)等，質譜技術的出現為蛋白質分析提供了一種新的途徑。現在蛋白質組學基本研究手段是：以生物質譜技術為核心，對蛋白質進行大規模、高通量分離、鑒定和分析。二、大腸菌群檢驗方法:由于大腸菌群指的是具有某些特性的一組與糞便污染有關的細菌，即:需氧及兼性厭氧、在37°C能分解乳糖產酸產氣的革蘭氏陰性無芽胞。

蛋白質質譜鑒定的基本原理是用蛋白酶將蛋白質消化成肽段混合物，經MAILDI或ESI等軟電離手段將其離子化，然后通過質量分析器將具有特定質核比的肽段離子分離開來。通過實際譜圖和理論上蛋白質經過蛋白酶消化后產生的一級質譜峰圖和二級質譜峰圖進行的比對，進行蛋白鑒定。通常將純化的蛋白和細胞粗提液和32P同位素標記的DNA或RNA探針一同保溫，在非變性的聚bing烯凝膠電泳上，分離復合物和非結合的探針。