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大型水生植物，特別是沉水植物能吸收利用水體中的營養物質，合成自身生長發育所需要的物質，有效的降低水體中的營養鹽濃度，與藻類競爭營養鹽，抑制“藻華”的爆發;還有降低懸浮顆粒物，促進水體中磷的沉降，減少沉積物磷釋放，抑制湖泊沉積物的再懸浮，改善沉積物的特性從而降低營養鹽釋放率、吸收水體中的污染物，抑制浮游植物生長等作用。在外源營養物質不能完全消除的水體，沉水植物的大量發生會緩沖營養物質在水中的富積程度。因此，沉水植物的恢復，常常作為藻型湖泊富營養化修復的措施之一，其研究在湖泊生態保護和富營養化防治中具有重要地位 。

在此我也就自己所理解的「水草」與「沉水植物」，來談談二者。

水草，按我們普遍的理解，可以解釋為是所有可以種植在水族箱、在水域（江河湖海）以下生長的所有植物的總稱，結合一些售賣水族產品的不良商家的說法，還包括了各種水緣植物，比如莫斯、苔蘚、蕨類和各種水榕。

沉水植物，簡單來說是指整個植株都沉于水體的水生植物（繁殖部分的植株可能會長出水面，進行傳粉。） 可分為兩類，一是根著于底泥的沉水植物，如苦草屬、狐尾藻屬；二是漂浮沉水植物，此類植物往往沒有完全的根系發育，植株可在水中漂浮，如金魚藻、南方貍藻。沉水植物肯定是屬于水草這一類的。

沉水植物分泌的化感物質可抑制水體中浮游植物的生長，減弱浮游植物或附著藻的遮陰效應，促進自身生長。化感物質可使藻類細胞的生理作用產生變化，如影響氧化酶活性、堿性磷酸酶活性，促進丙二醛等有毒物質積累，從而引起藻類生物量的減少。通過化感物質抑制藻類生長的沉水植物至少有37種，其中以狐尾藻、金魚藻、伊樂藻、茨藻、輪藻等的化感作用較明顯。不同沉水植物分泌的化感物質對藻類的作用不同，從而影響浮游植物種類組成。