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調節微生物區系，改善土壤微生態系統。腐熟的有機肥中含有酵母菌、乳酸菌、纖維素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有機肥還含有固氮菌、硅酸鹽細菌、溶磷菌、光合細菌和假單胞菌等一些有益菌，這些微生物除了具有產生大量活性物質的能力外，還具有固氮、溶磷、解鉀的能力，有的還具有抑制植物根系病原菌的能力，有的具有改善土壤微生態環境的能力。此外，生物有機肥施入土壤后，能夠調節土壤中微生物的區系組成，使土壤中的微生態系統結構發生有益改變。

生物有機肥的生產主要包括發酵菌促進物料腐熟過程、添加功能菌二次發酵過程和成品加工過程。通過發酵使物料完全腐熟是整個生產的關鍵環節，在發酵腐熟階段，多數企業采用槽式堆置發酵法。水分、C/N 比、溫度、pH、通風情況等過程參數直接影響物料腐熟的程度和發酵周期。待物料完全腐熟后，添加固氮菌、溶磷菌、解鉀菌等復合功能菌群進行二次發酵， 通過控制發酵條件提高產品中的有益活菌數， 從而達到增強生物有機肥肥效的目的。發酵結束后，為了提高產品的商品性和保證產品中有益微生物的存活率， 成品加工多以圓盤造粒后低溫烘干工藝為佳。

 有機肥：主要來源于植物和（或）動物，施于土壤以提供植物營養為其主要功用的含碳物料。生物有機肥：是指特定功用微生物與主要以動植物殘體（如畜禽糞便、農作物秸稈等）為來源并經無害化處置、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。特性不同、有機肥：經生物物質、動植物廢棄物、植物殘體加工而來，消弭了其中的有毒有害物質，富含大量有益物質。包括：多種有機酸、肽類以及包括氮、磷、鉀在內的豐厚的營養元素。不只能為農作物提供營養，而且肥效長。