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手性色譜填料硅膠色譜填料中特殊而又引人注目的是手性色譜填料。手性色譜可以用于分離光學對映異構體分子。手性分離是色譜分離領域很具有挑戰的，因為色譜分離往往是依據不同分子物理和化學性質差異如分子大小、表面電荷、極性等的不同建立不同色譜分離模式。一般來說物理和化學性能越相似的組分，其色譜分離難度越大，而光學對映異構體分子其化學和物理性質基本相同，只是結構上不可重疊且呈鏡像對稱。描述光學對映異構體很簡單而又生動的模型是人的左右手，因此手性分離很具有挑戰性。
手性色譜填料是通過在硅膠上涂敷和鍵合帶有手性識別位點的材料制備而成。具有手性空間結構的材料主要是纖維素和直鏈淀粉類。纖維素是葡萄糖通過β-1,4-糖苷鍵連接成的線性聚合物, 淀粉是α -1,4-葡萄糖苷連接的螺旋結構。手性拆分性能受到很多因素的影響, 包括多糖的微晶結構、聚合度、分子量大小、衍生化基團、涂敷工藝、硅膠基球孔徑大小，粒徑分布等等。因此制備手性色譜填料難度極大，目前手性色譜填料產品主要是由日本Daicel壟斷。

其它色譜填料除了反相、正相、HILIC、手性及SEC外，硅膠還用于離子交換、疏水及親和色譜分離和分析。但由于離子交換、疏水及親和色譜填料主要用于生物分離分析，因此具有化學穩定性好，耐酸堿性寬的聚l色譜填料更具有優勢。目前市場上離子交換、疏水及親和色譜填料基本上都是基于高交聯度的多孔或無孔聚l色譜填料。硅膠色譜柱填料作為HPLC的核心,一直是色譜研究中關鍵的部分. 提高色譜填料的柱效、選擇性、峰容量和使用穩定性, 增大填料的pH 使用范圍、延長填料使用壽命, 具有多種分離模式將成為色譜填料的發展方向。